Органический кофе выращивается без применения синтетических удобрений и пестицидов, а в течение всего цикла его производства, от обжарки до упаковки, не используются синтетические вещества и добавки. Растут кофейные деревья на небольших плантациях, чаще в тени, потому что вырубать соседние тропические леса запрещено, более того — необходимо сажать новые саженцы. Таким образом поддерживаются популяции птиц, уничтожающих насекомых-вредителей. Можно сказать, что выращивание органического кофе сохраняет здоровье всей экосистемы: почва безопасна для животных и других растений, а экологичное производство не загрязняет окружающую среду.
Специальных сортов органического кофе нет: это все те же арабика и робуста, только выращенные в других условиях. Плантации находятся в Перу, Мексике, Танзании, Непале, Никарагуа, Гватемале, на Гавайских островах и Новой Гвинее.